Ruby en Sapphire hebben 80 dagen om hun dromen waar te maken. In die tijd wil Ruby schitteren in alle Pokémon Wedstrijden van de Hoenn regio, terwijl Sapphire alle Gym Leiders wil verslaan. Zo beginnen ze aan hun grote avontuur vol nieuwe vrienden en bijzondere Pokémon ... Maar al snel kruisen ze het pad van duistere figuren met gemene plannen, die voor geen enkele misdaad terugschrikken ...